Contact

Ana-Maria Šimundić
Editor-in-Chief
Clinical Institute of Chemistry
Sestre milosrdnice University hospital
Vinogradska 29
10 000 Zagreb, Croatia

Phone: +385 1 3787 184
Fax: +385 1 3768 280

e-mail address: editorial_office [at] biochemia-medica [dot] com
 

Useful links

Events

Lokus 2014

S05-1

Barišić K. S05-1: Biologija u kliničkoj praksi: od molekularne dijagnostike do teragnostike. Biochemia Medica 2009;19(Suppl1):S44.
 
Farmaceutsko-biokemijski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Zavod za medicinsku biokemiju i hematologiju, Zagreb, Hrvatska
 
Adresa za dopisivanje: kbarisic [at] pharma [dot] hr
 
Sažetak
Razvoj molekularne dijagnostike može se pratiti kroz tri razdoblja: razdoblje prije projekta ljudskog genoma, druga faza predstavlja razdoblje nakon objavljivanja slijeda nukleotida ljudskog genoma te treća faza, koju možemo nazvati teragnostika.
U prvoj fazi razvoja značajan je utjecaj genetike na razvoj molekularne dijagnostike. Genetika je postala sastavni dio moderne medicine od kada su Watson i Crick 1953. godine opisali model strukture DNA. Učinjeni su značajni napreci u identificiranju mutacija koje su povezane s pojavnošću bolesti u ljudi. Sljedeći važan napredak povezan je s projektom ljudskog genoma, s obzirom da je taj projekt otvorio nove mogućnosti za razvoj boljih molekularno-dijagnostičkih alata.
Razdoblje nakon objavljivanja slijeda nukleotida ljudskog genoma obilježeno je utjecajem epigenetike kao novog područja koje se bavi regulacijom genske ekspresije na transkripcijskoj razini koja nije u svezi s promjenama u slijedu DNA.
U današnje vrijeme govori se o novoj strategiji, teragnostici, koja objedinjuje bioinformatiku, genomiku, proteomiku i funkcionalnu genomiku kao molekularno-biološke alate za razvoj suvremene medicine, posebice molekularne dijagnostike i terapije.
 
S05-2
 
Borovečki F. S05-2: Novi genomski pristupi u bolesnika s neurodegenerativnim bolestima. Biochemia Medica 2009;19(Suppl1):S45.
 
Centar za funkcionalnu genomiku, Klinički bolnički centar Zagreb, Hrvatska,
Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Zagreb, Hrvatska
 
Adresa za dopisivanje: fbor [at] mef [dot] hr
 
Sažetak
Ubrzani razvoj na području genomike, omogućen dostignućima Human Genome i HapMap projekata, otvorio je nebrojene mogućnosti u otkrivanju podležećih mehanizama važnih za održavanje funkcionalne homeostaze bioloških sustava. Nove genomske tehnologije omogućuju po prvi puta proučavanje interakcija tisuća gena istovremeno te otkrivanje kompleksnih mehanizama transkripcijske regulacije. Mutirani proteini, poput huntingitina i TBP-a, koji uzrokuju neurodegenerativne bolesti, ometaju bazalne i aktivirane transkripcijske mehanizme koji su prisutni u mnogim tkivima u tijelu. Štoviše, budući da su mutirani huntingitin i TBP eksprimirani u svim tkivima, uključujući i perifernu krv, za pretpostaviti je da uzorci ekspresijskog profila i regrutiranja promotora u krvi mogu u određenoj mjeri ukazati na patološke mehanizme prisutne u mozgu bolesnika. Kako bismo analizirali diferencijalno regrutiranje promotora u bolesnika sa spinocerebelarnom ataksijom 17 (SCA-17), izolirali smo periferne mononuklearne stanice iz krvi bolesnika, te smo proveli kromatinsku imunoprecipitaciju na čipu koristeći Affymetrix Human Promoter 1.0R i Agilent Human Promoter 244K genske čipove. Rezultati su pokazali povećanu regrutaciju promotora od strane mutiranog TBP-a na obje platforme, te su uključivali gene koji su pripadali funkcionalnim skupinama gena poput energetskog metabolizma, transkripcije, prijenosa signala i ubikvitin/proteasomskog sustava. Kako bismo odredili da li povećano vezivanje mutiranog TBP-a za promotore dovodi do promjena u transkripcijskoj aktivnosti, izolirali smo RNA iz periferne krvi bolesnika sa SCA-17, te smo proveli analizu pomoću Affymetrix Human Genome U133 2.0 PLUS genskih čipova. Ekspresijsko profiliranje pokazalo je da je većina diferencijalno eksprimiranih gena bila snižene ekspresije u bolesnika sa SCA-17, što ukazuje na mogući poremećaj transkripcije. Zaključno, mutirani proteini poput TBP-a, ometaju normalnu transkripcijsku aktivnost u stanicama periferne krvi, a opisane promjene mogu ukazati na patološke mehanizme uključene u neurodegenerativne bolesti.
 
S05-3
 
Canki-Klain N. S05-3: Genetsko testiranje monogenskih bolesti. Biochemia Medica 2009;19(Suppl1):S46.
 
Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Hrvatski institut za istraživanje mozga i Klinika za neurologiju, Klinički bolnički centar Zagreb, Zagreb, Hrvatska
 
Adresa za dopisivanje: nina [dot] canki-klain [at] zg [dot] t-com [dot] hr
 
Sažetak
Genetsko testiranje predstavlja analizu specifičnog gena, njegovog produkta ili funkcije, a upotrebljava se kako bi se otkrile promjene koje su povezane s nasljednim bolestima. Rezultat genetskog testa može potvrditi ili isključiti sumnju na genetsku bolest ili pomaže da se odredi vjerojatnost da se u neke osobe pojavi genetski poremećaj ili da ga ona prenese na svoje potomstvo. Drugim riječima, genetski test može biti dijagnostički, presimptomatski, prenatalni ili test nositelja (autosomne recesivne ili X-vezane recesivne bolesti), odnosno neonatalni probir („screening“).
Kako genetsko testiranje nerijetko izaziva etičke i/ili psihološke probleme, često mu treba prethoditi genetsko savjetovanje i obaviještena privola. Uzorke za DNK analizu predstavlja bilo koji materijal koji sadrži jezgru (uobičajeno krv, koža, plodova voda, korionske resice). Proteinska analiza se radi iz najpristupačnijeg uzorka tkiva u kojem se genski produkt očituje (npr. mišić, koža, pokatkada limfoblastoidna stanična linija).
U osnovi postoje dva različita pristupa istraživanju DNK: 1) direktan ili ispitivanje gena, ukoliko je gen identificiran te 2) indirektan ili analiza genetskog povezivanja, ako je poznat smještaj gena na kromosomu, ali ne i njegova građa. Izbor analize određuje ispitivani gen, tj. njegova veličina, tip mutacije, ispitivana populacija, raspoloživost metoda itd. Analiza povezivanja ovisi o dostupnosti bliskih srodnika bolesnika, tipu obitelji (srodstvo), sigurnosti očinstva i genetskoj heterogenosti.
Izlaganje će biti ilustrirano analizama koje su bile učinjene u Laboratoriju za kliničku neurogenetiku i mišićne bolesti u Hrvatskom institutu za istraživanje mozga Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
 
S05-4
 
Sertić J. S05-4: Molekularna dijagnostika poligenskih bolesti. Biochemia Medica 2009;19(Suppl1):S47-S48.
 
Klinički zavod za laboratorijsku dijagnostiku Medicinskoga fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, Klinički bolnički centar Zagreb, Zagreb, Hrvatska
 
Adresa za dopisivanje: jadranka [dot] sertic [at] kbc-zagreb [dot] hr
 
Sažetak
Uvod: Značajan je napredak ostvaren tijekom posljednjih 25 godina u genetici poligenskih bolesti kao što su kardiocerebrovaskularne (uključujući hipertenziju, hiperlipidemiju, pretilost) i maligne bolesti. Mutacije koje često nastaju u nekim genima izravno su povezane s nedostacima u prijenosu lipida u plazmi i sklonosti prijevremenoj koronarnoj bolesti. Za čestu mutaciju u Apo CIII je u nekim slučajevima dokazano da je povezana s predispozicijom za preranu koronarnu bolest i infarkt miokarda. Za genske varijante drugog proteina u prijenosu lipida, apolipoproteina E, dokazano je da su povezane i s poremećajima prijenosa kolesterola u plazmi i razvojem prijevremene koronarne bolesti. Genetika ostalih multifaktorskih poremećaja (npr. dijabetes, venska tromboembolija, pretilost, Alzheimerova bolest) također je djelomično razjašnjena u ovom desetljeću i pružila je mnogo novih genskih biljega. No, ne postoji potpuno razumijevanje korelacije genskih varijanti s biološkim varijablama ili kliničkim procjenama, posebice kod zdravih ispitanika.
Pretilost je u ljudi multifaktorski sindrom na kojeg utječu genetički, ali i faktori okoline. Među genskim varijantama za koje je utvrđeno da su uključene u regulaciju tjelesne težine i razvoj pretilosti osobita je pozornost pridana polimorfizmima u genima povezanima s adipogenezom, potrošnjom energije, te inzulinskom rezistencijom. Peroksizomski proliferatorom aktivirani receptori (PPAR) su članovi podskupine jezgrenog hormonskog receptora o ligandima ovisnih transkripcijskih faktora. Izoforma PPARG2 je uglavnom izražena izražena u adipoznom tkivu gdje modulira izražaj ciljnih gena uključenih u diferencijaciju adipocita, osjetljivost na inzulin i upalne procese. Istražili smo povezanost nekih genskih polimorfizama PPARG2 (Pro12Ala); adiponektin (ADIPOQ -11391G>A i 11377C>G); IL-6 (-174G>C); TCF7L2 (rs7903146); eNOS (-786T>C), estrogenski receptor (ESR1alfa-TA); APOE; ACE (I/D); MTHFR (-677C>T); LPL (PvuII+/-) s kliničkim varijablama: spol, dob, indeks tjelesne mase (BMI) i biološkim varijablama: trigliceridi, kolesterol, HDL, LDL, CRP, homocistein, glukoza u 105 zdravih mladih ispitanika (raspon dobi 20-35 god.) hrvatskoga podrijetla.
Metode: Genotipizacija PPARG2, IL-6, ACE, LPL i eNOS provedena je primjenom PCR-RFLP, genotipizacija TCF7L2, APOE, MTHFR, ADIPOQ primjenom PCR u stvarnom vremenu, a genotipizacija ESR1alfa kapilarnom elektroforezom. Povezanost alela, genotipova i haplotipova s biološkim varijablama provedena je primjenom UNPHASED-3.0.10. Spol, dob i BMI korišteni su kao kovarijable.
Rezultati: BMI je bio povišen (> 25 kg/m2) u 22% ispitanika. Povišene koncentracije kolesterola (> 5,0 mmol/L) nađene su u 23% ispitanika, LDL (> 3,0 mmol/L) u 23%, triglicerida (> 1,7 mmol/L) u 11% ispitanika. Utvrdili smo statistički značajne razlike u težini ispitanika (P = 0,015), BMI (P = 0,023), te omjeru struka i bokova (P = 0,015) s obzirom na vrstu prehrane: ispitanici na mediteranskoj prehrani imali su najniže vrijednosti u usporedbi s ispitanicima na kontinentalnoj ili miješanoj prehrani. Značajne su povezanosti nađene za: gensku polimorfnu varijantu LPL i abdominalnu pretilost (P = 0,018), varijantu APOE4 i hiperkolesterolemiju (P = 0,002) te ESR1-L alel i hiperkolesterolemiju (P = 0,023). U našoj studiji do sada nismo našli povezanosti drugih genskih varijanti s biološkim varijablama.
Zaključci: Genske polimorfne varijante ESR1, LPL i APO E mogli bi predstavljati prediktivne genske rizične biljege za lipidni status i pretilost u mladih zdravih ispitanika. Mediteranska prehrana je također važan pozitivni faktor u abdominalnoj pretilosti.
 
S05-5
 
Grahovac B. S05-5: Molekularna HLA-DNA tipizacija. Biochemia Medica 2009;19(Suppl1):S48-S49.
 
Laboratorij za molekularnu dijagnostiku, Zavod za patologiju, Medicinski fakultet Sveučilišta u Rijeci, Klinički bolnički centar Rijeka, Rijeka, Hrvatska
 
Adresa za dopisivanje: blazenka.grahovac@medri.hr
 
Sažetak
Humani sustav tkivne snošljivosti (HLA), ekvivalent glavnog sustava tkivne snošljivosti (MHC), nalazi se na kratkom kraku kromosoma 6 (6p21.3). HLA geni obuhvaćaju skupinu od više od 200 lokusa koji kodiraju membranske proteine čija je funkcija da vežu peptidne antigene i predstavljaju ih T-staničnim receptorima na CD8 (HLA razred I) ili CD4 (HLA razred II) limfocitima podrijetlom iz timusa. Funkcionalni HLA geni su izrazito polimorfni i varijabilnost je koncentrirana na specifičnim mjestima, u tzv. regijama vezanja peptida, koje su smještene u eksonima 2 i 3 (geni I razreda) i eksonu 2 (geni II razreda). Zbog njihovog kliničkog značaja (mehanizam kako HLA polimorfizam utječe na odbacivanje stranog tkiva, kako su pojedini aleli i haplotipovi udruženi s progresijom infektivnih bolesti, podložnost autoimunim bolestima i ostalim kroničnim ne-infektivnim bolestima) prikupljeno je mnoštvo podataka o HLA. Najnoviji podaci, zaključno s travnjem 2009. godine, izvještavaju o 3.528 različitih alela na lokusima HLA sustava.
Tijekom godina koristile su se različite metode za tipizaciju HLA proteina. Dugo godina HLA polimorfizam je bio određivan isključivo serološkim metodama, temeljeći se na reaktivnosti seruma na HLA antigene. Pojavom rekombinantne DNA tehnologije pojavila se mogućnost direktnog dokazivanja genetičkih razlika između HLA lokusa. Danas je kliničkim laboratorijima na raspolaganju nekoliko različitih metoda za HLA DNA tipizaciju. Uglavnom su to hibridizacijske ili alel-specifične metode. Hibridizacijskim metodama određuju se HLA aleli umnožavanjem specifične regije gena generičkim početnicama i naknadno se vrši hibridizacija PCR amplikona s alel-specifičnim oligonukleotidnim probama. Alel-specifična metoda koristi niz parova početnica koji su specifični za pojedini alel i tipizacija se provodi direktnim PCR umnožavanjem DNA. Svaka metoda ima svoje prednosti i nedostatke. Pojedini laboratoriji moraju prepoznati koji su tipovi testova za njih najprimjereniji, vodeći računa o cijeni testa, vremenu potrebnom za testiranja, potrebnu razlučivost tipizacije, ukupan broj testova po danu. Za laboratorije kojima je dostupna metoda sekvenciranja sigurno je to metoda izbora, zbog svoje osjetljivosti, specifičnosti i cijene, a osobito zbog mogućnosti da se za svaki alel odredi njegova kompletna nukleotidna struktura.